Il complesso della villa Mondragone, innalzato su una collina a 416 metri sul livello del mare, è parte del sistema delle ville Tuscolane che si estende tra Frascati e Monte Porzio Catone (del cui comune fa parte) al quale si accede dalla via Tuscolana al km 21, in direzione Frascati-Monte Porzio. La proprietà è composta da 18 ettari di terreno sistemato a parco: al centro, in posizione sopraelevata e felicemente panoramica, proiettata verso Roma, sorge l’imponente edificio della villa, di circa 80.000 mq. La storia edilizia di villa Mondragone inizia nel 1567 quando il giovane cardinale Marco Sittico Altemps, nipote amatissimo di papa Pio IV, acquista da Ranuccio Farnese, cardinale di Sant’Angelo, una villa, già del cardinale Ricci di Montepulciano, chiamata Angelina in omaggio al titolo cardinalizio del Farnese.
Questo edificio verrà ridenominato villa Tusculana e, dopo la costruzione di villa Mondragone, sarà la villa Vecchia. Il cardinale Altemps si limita ad ampliare la preesistente villa Tusculana con la supervisione dell’architetto Jacopo Barozzi da Vignola, affiancato da Martino Longhi da Viggiù. A lavori terminati, nel 1571, la villa ospiterà il cardinale Ugo Boncompagni che,di lì a pochi mesi, diventerà papa con il nome di Gregorio XIII. Proprio dal pontefice verrà il suggerimento di costruire una nuova, grande villa sul poggio sovrastante la villa Tusculana, sfruttando come sostruzioni gli imponenti resti romani della villa dei Quintili (consoli romani nel 151 d.C.). Essa sarà progettata da Martino Longhi. Il nome Mondragone allude, infatti, al drago araldico che campeggia nello stemma dei Boncompagni e che venne effigiato in varie parti della villa e del giardino.Nel 1613 il cardinale Scipione Borghese, nipote di papa Paolo V, acquista villa Mondragone, villa Tusculana ed altre proprietà del duca Gian Angelo Altemps. Tra il 1616 e il 1618 sono documentati significativi lavori di ampliamento di villa Mondragone condotti dall’architetto fiammingo Jan van Santen, detto Giovanni Vasanzio, progettista di fiducia del cardinal Borghese. Questi interventi interessarono sia il blocco edilizio ampliato con la galleria di collegamento tra il casino del Longhi e la Retirata, la piccola costruzione residenziale edificata per il figlio del cardinale Altemps, sia l’esterno con il giardino Grande, il portico e il teatro delle Acque e la grande corte quadrangolare che richiama la cour d’honneur delle residenze reali di Francia. Con la morte di Paolo V si chiude il periodo più fiorente di villa Mondragone e comincia il suo declino.
Nel 1866 la villa, acquistata dalla compagnia dei Gesuiti, divenne dapprima sede estera del collegio Ghislieri e poi un convitto di alto livello sociale.
Nel 1981 l’Università di Roma Tor Vergata acquista il complesso con il benestare della Soprintendenza ai Beni Architettonici e Paesaggistici del Lazio.